Hugues Reiner est né en 1960 dans une famille d'écrivains. Son père est Silvain Reiner, écrivain français (1921-2002), sa mère Anne-Marie Vry est sociologue. À 22 ans, il est choisi pour fonder et diriger le Chœur de l'Armée française (Garde Républicaine). À 25 ans, il dirige son premier concert au Théâtre des Champs-Élysées avec le pianiste Miguel Angel Estrella. En 1993, il dirige un concert filmé au sommet du Mont Blanc diffusé dans toute l'Europe pour venir en aide aux enfants réfugiés de l'ex-Yougoslavie. La même année, il se rend à plusieurs reprises à Sarajevo avec une invitation de la présidence bosniaque pour reconstituer l'Orchestre de la Radio-Télévision de la ville assiégée avec des musiciens serbes, croates et bosniaques.

Il a dirigé plus de 1500 concerts symphoniques dans une quarantaine de pays, invité par les orchestres nationaux de Russie, Pologne, Lituanie, Serbie et Roumanie pendant la révolution. Il s'est produit lors d'un concert télédiffusé avec l'orchestre national de la Radio-Télévision de Pékin. En France, il a dirigé dans les salles les plus prestigieuses l'intégrale des symphonies de Gustav Mahler et programmé régulièrement les œuvres sacrées de Mozart, Beethoven, Brahms, Dvořák, Tchaïkovski, etc.

En novembre 2015, en hommage aux victimes des attentats à Paris, il rassemble en 3 jours un orchestre et 450 choristes pour interpréter le Requiem de Mozart à l'Église Saint-Sulpice en présence de personnalités des communautés musulmane, chrétienne et juive.

Hugues Reiner a fondé les Chœurs Résilience avec le parrainage du neuropsychiatre Boris Cyrulnik. En 2018, il est fait Chevalier des Arts et des Lettres.